此时，锦州、松山已经都被包围，只有杏山在吴三桂手中并收容了大批败退的明兵，因此未被清虏占领。

二十六日，杏山的吴三桂所部，因兵力不敌又粮草无着，只得退回宁远就食。

此次为时十二天的大规模决战，明军被杀伤五万三千七百八十余人，损失马匹七千四百四十四匹，甲胄九千三百四十六件，赴海溺死者以万计。

皇太极虽然击溃了明军援锦主力，但是松山、锦州、杏山三城仍为大明所有，因此他继续围困松、锦、杏三城。

九月八日命济尔哈朗、杜度、阿巴泰等人围攻锦州。

十二日命多铎、阿达礼等人围攻松山。阿济格等人围攻杏山。

洪承畴败入松山后，城内粮食已尽，几次突围，皆告失败。

崇祯十五年二月十八日夜，城内副将夏承德开门投降，并事先捉拿了洪承畴及各大将领、官吏，献给清虏。清虏入城后斩杀害大明副将以下一百多人，兵丁三千余名，俘三千一百余人，甲胄、兵器合计一万五千二百多件，火器三千二百七十多门。洪承畴、祖大乐被送往沈阳关押，巡抚邱民仰、王廷臣、曹变蛟等不屈被杀，松山城夷为平地。

锦州城内的祖大寿，此刻已经彻彻底底地知道解围无望，粮食也全部耗尽，已经到了人吃人的地步。皇太极乘机派出已归顺麾下的祖大乐赴锦州劝说其兄祖大寿降清，并答应不杀城中军民。

三月八日，祖大寿在坚守锦州城两年，外无救兵内无粮草的情况下，在和皇太极达成不杀降人的协议后，开门投降。

那知道清虏骗开锦州城后，马上毁约，入城后立刻开始大屠杀，凡是非祖大寿部属者全部被杀。